หลักสูตรมีเอกลักษณ์ที่แตกต่างจากหลักสูตรก่อนหน้า และหลักสูตรในสถาบันอื่น 2 ประเด็นหลัก คือ
1. ด้านผลการเรียนรู้ที่คาดหวัง
2. ด้านการจัดการเรียนการสอน
1. ด้านผลการเรียนรู้ที่คาดหวัง
หลักสูตรฯ จัดการศึกษาตามระบบ Outcome-based education มีผลลัพธ์การเรียนรู้ 6 ข้อหลัก โดยมีความเป็นเอกลักษณ์ ซึ่งแตกต่างจากสถาบันอื่น คือ
“PLO2 คือ PLO 2 NCDs & Elderly care – ใช้กระบวนการดูแลสุขภาพแก่ผู้ป่วยโรคไม่ติดต่อเรื้อรัง และส่งเสริมสุขภาพผู้สูงอายุ แบบองค์รวมตามศาสตร์การแพทย์แผนไทย
และ Sub PLO 6.3 Entrepreneurship – มีแนวคิดความเป็นผู้ประกอบการภายใต้บริบทของความพอเพียง”
1.1 ในประเด็นของการดูแลผู้ป่วยโรคไม่ติดต่อเรื้อรัง และการส่งเสริมสุขภาพผู้สูงวัยนั้น เกิดจากการวิเคราะห์สถานการณ์สุขภาพของประเทศและสอดคล้องกับสมรรถนะหลักที่มุ่งหวังของคณะฯ และทิศทางการวิจัยของคณะ ซึ่งคาดหวังให้ผลงานวิจัยและการพัฒนาบุคลากร (อาจารย์ แพทย์แผนไทย) ในคณะฯ นำมาซึ่งองค์ความรู้ในการจัดการเรียนการสอนกับนักศึกษาในหลักสูตร ทั้งนี้มีรายวิชาที่รับผิดชอบโดยตรง 5 รายวิชา ซึ่งจัดการเรียนการสอนทั้งแบบบรรยาย ฝึกปฏิบัติ ฝึกประสบการณ์วิชาชีพ โดยคาดหวังให้ผู้เรียนนำความรู้และทักษะไปใช้บริการสุขภาพได้ตามมาตรฐานวิชาชีพ นอกจากนั้นผู้เรียนยังต้องทำวิจัยในวิชาโครงงานฯ ซึ่งส่วนใหญ่แล้วอาจารย์ในคณะจะมุ่งวิจัยด้านโรคไม่ติดต่อเรื้อรังหรือผู้สูงอายุ ทำให้ผู้เรียนมีโอกาสได้เพิ่มพูนทักษะในการสร้างงานวิจัยหรือนวัตกรรมด้านนี้ และเป็นประสบการณ์ที่จะนำไปใช้ในการทำงานต่อไป ซึ่งสอดคล้องกับนโยบายการจัดตั้งคลินิก NCD โรคเบาหวานและความดันโลหิตสูงในโรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพประจำตำบลซึ่งเป็นแหล่งงานหลักของแพทย์แผนไทย
1.2 ในประเด็นของการมีแนวคิดความเป็นผู้ประกอบการภายใต้บริบทของความพอเพียง เกิดจากการวิเคราะห์ความต้องการของมหาวิทยาลัย ผลการสำรวจจากศิษย์ปัจจุบัน ที่ต้องการให้บัณฑิตสร้างรายได้จากผลิตภัณฑ์สมุนไพร และสถานการณ์การจ้างงานของแพทย์แผนไทยที่มีตำแหน่งข้าราชการน้อย ประกอบกับที่ผ่านมามีศิษย์เก่าที่เป็นเจ้าของคลินิกเอกชนและเป็นที่ยอมรับในความสามารถจากอาจารย์ รุ่นน้อง เพื่อน หมอพื้นบ้าน ผู้ป่วย และมีศิษย์เก่าที่สามารถสร้างรายได้จากการขายสมุนไพรด้วยธุรกิจออนไลน์จากการทำแผนธุรกิจในรายวิชาบริหารเวชกรรมไทย ดังนั้น หลักสูตรจึงสร้างผลการเรียนรู้นี้ขึ้นโดยคาดหวังให้ผู้เรียนมีแนวคิดในการวางแผนธุรกิจภายใต้บริบทของความพอเพียง อย่างไรก็ตามสำหรับผู้ที่สนใจเป็นผู้ประกอบอาชีพอิสระจริงจัง หลักสูตรได้สร้างวิชาเลือกเสรี “การพัฒนาผลิตภัณฑ์สมุนไพรเพื่อส่งเสริมสุขภาพ และการท่องเที่ยวเชิงสุขภาพ” ที่จะทำให้ผู้เรียนมีมุมมองหรือแนวทางเพิ่มขึ้นในการประกอบอาชีพอิสระ
2. ด้านการจัดการเรียนการสอน
2.1 มีการยุบรวมรายวิชาด้านเวชกรรมไทย เภสัชกรรมไทย และพื้นฐานวิชาชีพ คือ เภสัชวิทยาและพิษวิทยา และพยาธิสรีรวิทยา สร้างเป็นรายวิชาใหม่อิงตามระบบของร่างกาย 7 ระบบ เช่น เวชกรรมไทยโรคในระบบทางเดินอาหาร เวชกรรมไทยโรคในระบบทางเดินปัสสาวะ เวชกรรมไทยโรคในระบบผิวหนัง เป็นต้น ซึ่งคาดหวังให้ผู้เรียนสามารถนำองค์ความรู้ไปใช้ในการรักษาโรคได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น รวมทั้งสามารถเทียบเคียงโรคในการสื่อสารหรือบูรณาการด้านการดูแลสุขภาพกับสหวิชาชีพได้มากขึ้น
2.2 มีการจัดการเรียนการสอนในชั้นปี 4 แบบปีการศึกษา (year course) โดยเป็นการเรียนในรายวิชาฝึกประสบการณ์วิชาชีพทั้งหมดตลอดปีการศึกษา